La Corte de Apelaciones de Iquique acogió un recurso de protección y ordenó que la Municipalidad restituya, en un plazo de cinco días desde que la sentencia quede firme, los descuentos aplicados por licencias médicas rechazadas en 2019.

La medida responde al caso de una funcionaria de planta que en 2019 tuvo un cuadro de angustia y depresión, y obtuvo varias licencias médicas ese año. Esas licencias finalmente fueron declaradas rechazadas, y la municipalidad comenzó a descontar montos de su sueldo desde agosto de 2025 tras notificarla el 23 de abril de 2025. La suma reclamada por la trabajadora alcanzó $6.092.413 pesos chilenos.

En su defensa, la municipalidad invocó el artículo 63 del Decreto N°3 de 1984 del Ministerio de Salud, que obliga al reintegro de remuneraciones percibidas indebidamente cuando una licencia es rechazada. La entidad argumentó que el descuento es una potestad administrativa, es decir, una facultad interna para ajustar pagos y no un cobro judicial.

Sin embargo, la Contraloría Regional de Tarapacá, que es el organismo fiscalizador de los fondos públicos, dictaminó que los descuentos vinculados a las licencias de 2019 eran improcedentes porque había vencido el plazo para efectuarlos, conforme al artículo 2515 del Código Civil. Ese artículo se refiere a la prescripción, o sea al plazo legal para exigir una deuda, algo parecido a la fecha de caducidad de una reclamación.

La Corte sostuvo que el criterio de la Contraloría es obligatorio para la municipalidad y que, pese a ello, los descuentos se aplicaron de manera unilateral y tardía, afectando garantías como la igualdad ante la ley. Por eso acogió el recurso sólo respecto de las licencias de 2019 y ordenó la restitución. El tribunal rechazó la acción respecto de las licencias de 2022 porque en ese caso el plazo legal para descontar aún no se había cumplido.

Impacto práctico: para la funcionaria significa la devolución de $6.092.413 en un plazo inmediato, una corrección directa a su remuneración. Para la municipalidad implica un desembolso por ese monto y una señal de que debe ajustar sus procedimientos administrativos para no contradecir dictámenes de la Contraloría.

Qué pueden hacer otros funcionarios: conservar la documentación de licencias y boletas de sueldo, reclamar ante la Contraloría si reciben descuentos, y ante la negativa persistente, evaluar un recurso de protección que defienda derechos constitucionales. Consultar al sindicato o a asesoría jurídica es útil para ordenar pruebas y plazos.

Qué deben revisar las municipalidades: acatar los dictámenes de la Contraloría, verificar los plazos de prescripción antes de aplicar descuentos, y documentar cada decisión administrativa. El fallo recuerda que la potestad administrativa no está por encima de las obligaciones legales y de la fiscalización externa.

Perspectiva: la sentencia marca un precedente práctico para casos similares en municipios chilenos, al enfatizar que los descuentos por licencias rechazadas pueden ser improcedentes si se realizan fuera del plazo legal o en contra del criterio de la Contraloría. Esto puede incentivar a más funcionarios a reclamar y obliga a las administraciones públicas a revisar sus controles internos.